เมื่อเวลา 11.10 น. คสช.มีคำสั่งที่ 47/2557 เรื่องการปฏิบัติหน้าที่ในคณะกรรมการต่างๆ โดยให้การปฏิบัติหน้าที่ในคณะกรรมการต่างๆ ที่จัดตั้งขึ้นตามกฎหมาย ระเบียบ คำสั่ง หรือมติคณะรัฐมนตรีนั้น ให้ดำเนินการต่อไปโดยให้ถือว่าเป็นคำสั่งของ หัวหน้า คสช. ส่วนกรณีที่มีการระบุว่าให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงใดเป็นประธาน รองประธาน หรือกรรมการ ให้ปลัดกระทรวง ซึ่งมีคำสั่ง คสช. ฉบับที่ 16/2557กำหนดไว้แล้วให้ดำเนินการเว้นแต่จะสั่งการเป็นอย่างอื่น หากมีกรณีใดที่เป็นปัญหาเชิงนโยบาย คาบเกี่ยวหรือก่อให้เกิดภาระทางงบประมาณให้หารือ หัวหน้า คสช.แล้วแต่กรณี
นอกจากนั้น ยังมีประกาศ คณะรักษาความสงบแห่งชาติ ออกประกาศคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ฉบับที่ 53/2557 เรื่องกำหนดให้ผู้กระทำความผิดในบางกรณีไม่อยู่ภายใต้บังคับคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 37/2557 ดังนี้ ตามที่ได้มีคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 37/2557 ลงวันที่ 29 พฤษภาคม 2557 เรื่องให้ผู้มีอาวุธปืน หรือวัตถุระเบิดที่สำหรับใช้เฉพาะแต่การสงครามนำส่งมอบนั้น เพื่อให้การรักษาความสงบและการแก้ไขปัญหาบ้านเมืองเป็นไปโดยเรียบร้อย คณะรักษาความสงบแห่งชาติจึงมีประกาศดังต่อไปนี้ มิให้นำความในคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 37/2557 ลงวันที่ 29 พฤษภาคม 2557 เรื่องให้ผู้มีอาวุธปืน หรือวัตถุระเบิดที่สำหรับใช้เฉพาะแต่การสงครามนำส่งมอบ มาใช้บังคับแก่ผู้กระทำความตามกฎหมายว่าด้วยอาวุธปืน เครื่องกระสุนปืน วัตถุระเบิด ดอกไม้เพลิง และสิ่งเทียมอาวุธ ที่ถูกจับกุมหรือตกเป็นผู้ต้องหาหรือเป็นจำเลยก่อนวันที่ 29 พฤษภาคม 2557 และอยู่ในระหว่างการสอบสวน หรือระหว่างคดียังไม่ถึงที่สุด ทั้งนี้ ตั้งแต่บัดนี้เป็นต้นไป
คณะรักษาความสงบแห่งชาติ ยังออกคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ฉบับที่ 49/2557 เรื่องการปฏิบัติหน้าที่ในคณะกรรมการต่างๆ เพื่อให้บริหารราชการแผ่นดินดำเนินไปได้โดยเรียบร้อย จึงสมควรมอบหมายการปฏิบัติหน้าที่ในคณะกรรมการต่างๆ ที่จัดตั้งขึ้นตามกฎหมาย ระเบียบ คำสั่ง หรือมติคณะรัฐมนตรี
ให้ผู้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าฝ่ายหรือรองหัวหน้าฝ่ายต่างๆ ในระดับแปลงนโยบายไปสู่การปฏิบัติหน้าที่เป็นผู้ปฏิบัติหน้าที่ประธาน รองประธาน หรือกรรมการในคณะกรรมการต่างๆ ที่จัดตั้งขึ้นตามกฎหมาย ระเบียบ คำสั่ง หรือมติคณะรัฐมนตรีตามสายงาน ความรับผิดชอบของตน แล้วแต่กรณี โดยถือว่าการมอบหมายของหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติเป็นการใช้อำนาจนายกรัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรี เว้นแต่จะสั่งการเป็นอย่างอื่น
ในกรณีที่กฎหมาย ระเบียบ คำสั่ง หรือมติคณะรัฐมนตรีกำหนดให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงใด เป็นประธาน รองประธาน หรือกรรมการ ให้ปลัดกระทรวงซึ่งมีประกาศคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ฉบับที่ 16/2557 ลงวันที่ 22 พฤษภาคม 2557 เรื่อง ให้ปลัดกระทรวงปฏิบัติราชการแทนรัฐมนตรีเป็นการชั่วคราว กำหนดไว้แล้ว เป็นผู้ปฏิบัติหน้าที่ประธาน รองประธาน หรือกรรมการในคณะกรรมการนั้นๆ แล้วแต่กรณี เว้นแต่จะสั่งการเป็นอย่างอื่น
ในการปฏิบัติหน้าที่ตามข้อ 1 และข้อ 2 ถ้ามีข้อขัดข้อง หรือเป็นการพิจารณาปัญหาสำคัญในเชิงนโยบาย หรือคาบเกี่ยวกับฝ่ายอื่น หรือก่อให้เกิดภาระทางงบประมาณในสาระสำคัญ ให้หารือหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติแล้วแต่กรณี ทั้งนี้ตั้งแต่บัดนี้เป็นต้นไป