การดำเนินการกับพระธัมมชโยหลังจากถูกถอดสมณศักดิ์ นายสุวพันธุ์ ตันยุวรรธนะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม ในฐานะกำกับดูแลกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือ ดีเอสไอ กล่าวถึงขั้นตอนการจับสึกพระธัมมชโย หลังถอดถอนสมณศักดิ์ ว่า หลังถอดถอนสมณศักดิ์พระธัมมชโยแล้วมหาเถรสมาคมจะมีการประชุมกันในวันที่ 10 มีนาคมนี้ ซึ่งรัฐบาลจะมีข้อเสนอแนะจากนายวิษณุ เครืองาม รองนายกรัฐมนตรี และนายออมสิน ชีวะพฤกษ์ รัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี เพื่อดำเนินการต่อไป ซึ่งดีเอสไอได้รายงานความคืบหน้าการดำเนินคดีพระธัมมชโยและวัดพระธรรมกาย ว่าพระสงฆ์ที่ถูกหมายเรียกได้มารายงานตัวและปล่อยตัวกลับไปแล้ว รวมถึงการดำเนินคดีกับพระและประชาชนที่ขัดขวางคำสั่งมาตรา 44 ซึ่งส่วนมากจะเป็นประชาชน โดยขณะนี้ยังไม่ได้เข้าไปตรวจค้นเพิ่มเติม เพราะยังมีการขัดขวางอยู่ ซึ่งการจะเข้าไปตรวจค้น จะต้องรอประเมินจากเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงาน จึงยังไม่สามารถบอกได้ว่าจะยุติโดยเร็ว ตามที่ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติระบุหรือไม่
ส่วนการดำเนินการเอาผิดทางวินัย กับพระธัมมชโยนั้น นายสุวพันธุ์ กล่าวว่า ล่าสุด พ.ต.ท.พงศ์พร พราหมณ์เสน่ห์ ผู้อำนวยการสำนักพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ได้ทำหนังสือ ถึงเจ้าคณะใหญ่หนกลาง ซึ่งไม่ทราบว่าสาระสำคัญของหนังสือมีเนื้อหาอย่างไร ส่วนเรื่องการปกครองได้มีการเสนอไปแล้วให้เจ้าคณะใหญ่หนกลาง ไปพิจารณา เพราะเจ้าหน้าที่ไม่สามารถคุยกับผู้มีอำนาจของวัด เพราะไม่ทราบว่ารักษาการเจ้าอาวาสวัดพระธรรมกายอยู่ที่ใด ดังนั้นจึงขอให้ไปพิจารณาเรื่องการปกครองภายในวัดให้ไปในทางที่เหมาะสม เพื่อให้ยุติความขัดแย้ง