จากสถานการณ์การแพร่ระบาดของไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่การรถไฟฯ ได้ดำเนินมาตรการในการดูแลด้านสุขภาพและอนามัยให้กับผู้โดยสารภายในพื้นที่บริเวณสถานีรถไฟทุกแห่ง เพื่อเป็นการป้องกันการแพร่ระบาดของเชื้อไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่ภายในพื้นที่เขตสถานีรถไฟ เพื่อสร้างความเชื่อมั่นให้แก่ผู้ใช้บริการ โดยได้มอบหมายให้เจ้าหน้าที่สถานีรถไฟทุกแห่ง เพิ่มมาตรการความเข้มงวดการทำความสะอาดภายในบริเวณสถานี โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่สถานีหัวลำโพง ซึ่งเป็นสถานีหลักที่มีผู้ใช้บริการทั้งชาวไทยและชาวต่างชาติเดินทางเป็นจำนวนมาก จึงได้ดำเนินการทำความสะอาดด้วยการฉีดพ่นน้ำยาฆ่าเชื้อโรคภายในสถานีรถไฟ โดยเน้นย้ำความสะอาดบริเวณพื้นที่ให้บริการที่มีการสัมผัสกับผู้ใช้บริการที่มีความถี่บ่อยครั้ง เช่น บริเวณช่องจำหน่ายตั๋วโดยสาร เก้าอี้นั่งพักผู้โดยสาร ห้องน้ำ เป็นต้น
นอกจากนี้ได้เพิ่มการทำความสะอาดด้วยการฉีดพ่นน้ำยาฆ่าเชื้อโรคภายในตู้โดยสารบนขบวนรถไฟก่อนที่จะนำออกให้บริการ และเน้นการเช็ดทำความสะอาดด้วยน้ำยาฆ่าเชื้อโรคในบริเวณที่ผู้โดยสารต้องสัมผัส เช่น ราวจับภายในขบวนรถ เก้าอี้นั่ง เป็นต้น
ส่วนมาตรการด้านการดูแลสุขภาพอนามัยของพนักงานที่ให้บริการในสถานี และบนขบวนรถได้ให้พนักงานสวมหน้ากากอนามัยกรณีที่ต้องปฏิบัติงานในพื้นที่ที่มีประชาชนหนาแน่น เพื่อสร้างความเชื่อมั่นให้กับผู้ใช้บริการ